㈠ 如何用VASP计算H原子的振动频率
如何用VASP计算H原子的振动频率
这些天做了些测试,尝试找了一些结构,但是不知道是否稳定,因此打算算一下声子谱。
VASP不能完整地算声子谱,只能求gamma点的。完整地计算要用phonopy。
INCAR文件如下:
SYSTEM = Si
PREC = Accurate
ENCUT = 245
ISART = 0
ISMEAR = -5
IALGO = 48
NSW = 60
IBRION = 5
NFREE = 2
EDIFF = 1E-5
POTIM = 0.0005
其中要注意,k点数目小于4个时,这种情况下对布里渊区积分不能用四面体方法(也就是INCAR里的ISMEAR=-5),加密K点或改成ISMEAR=0应该就可以了。
㈡ 声子谱模拟计算软件关于声子谱计算,有哪些常用的软件
声子谱一般常用vasp,目前国内也开发了PWmat软件也可以用于声子谱计算,计算速度更快。
㈢ 求教针对VASP分子动力学计算的数据结果分析问题
1. 如何提取温度-时间和总能-时间变化信息?
温度,能量-时间信息在OSZICAR里面,可以用grep提取。
2. 一般有哪几种方式可以得到径向分布函数RDF分布曲线?
不懂什么意思,RDF曲线按公式算就行。好像有中子衍射数据的话可以做Fourier变换从试验上得到,这块不太懂。
3. VMD读取vasprun.xml得到RDF的具体操作步骤是什么?尤其是不懂selection1、selection2如何选取?
数据导入到vmd后,点extension->radio distribution funcion->Use Molecule选你需要的molecue,一般直接把xml文件拖进去的话这个只有一个,选了就行。
selection 1 和 selection 2分别是中心原子(类)和相对原子(类)。
这里要用vmd的选择原子的语言,比如,我算vasp时候INCAR里面是Li和O,那么vasp.xml导入vmd以后就会有type Li和type O。这里type是关键字。
以我的为例子,我selection 1 里面写type Li,selection 2里面也写type Li。那我得到的就是Li的g(r)。
你的体系要自己看了。如果对特定分子有要求,就要自己对原子进行重新定义。
㈣ 怎么用VASP计算声子谱
刘仕晨(站内联系TA)vasp是不能直接计算声子谱的,至少我弊薯不知道啦, 我们经费不多,所以是用免费的phonopy接口vasp计算的,当然也还在摸索中大卜磨,不知道其他大神有没有好的方法,或者用pwscf计算声子刘仕晨(站内联系TA)集群装phonopy可能有点麻烦了,因为装之前要装很多东西,不过phonopy不需要太大的资源,如果你对装这个不是很在行的话,可以用台式机或者笔记本装一个ubuntu的linux系统滚斗,按照官网的提示一步步操作就可以了,如果你很在行安装这些软件的话,可以去下载那些之前的准备软件,都安装了,然后再安装phonopyidentation(站内联系TA)装phonopy,这个很麻烦,好像需要root权限的。 装好phonopy之后,你参照phonopy的网站即可,有两种模式,一种是有限差分,一种是线性响应,你google搜索phonopy,之后到phonopy网站,找VASP+phonopy,然后按说明做即可! 如果只算gamma点的,vasp中把IBRION改成6或者8就行,你搜一下IBRION这个选项future_wl(站内联系TA)我们用vasp+phonon算的,不过phonon是收费的。。。。。。
㈤ VASP 简介
VASP全称Vienna Ab-initio Simulation Package,是维也纳大学Hafner小组开发的陵蠢祥进行尺搏电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。
主要功能:
1、采用周期性边界条件(或超原胞模型)处理原子、分子、团簇、纳米线(或管)、薄膜、晶体、准晶和无定性材料,以及表面体系和固体档敬
2、计算材料的结构参数(键长,键角,晶格常数,原子位置等)和构型
3、计算材料的状态方程和力学性质(体弹性模量和弹性常数)
4、计算材料的电子结构(能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF)
5、计算材料的光学性质
6、计算材料的磁学性质
7、计算材料的晶格动力学性质(声子谱等)
8、表面体系的模拟(重构、表面态和STM模拟)
9、从头分子动力学模拟
10、计算材料的激发态(GW准粒子修正)
常用网站:
VASP 官网
https://www.vasp.at/
VASP 手册
https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/vasp.html
VASP 官网计算教程实例
https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Category:Examples
其它教程:
大师兄科研网《Learn VASP The Hard Way》
https://www.bigbrosci.com/categories/LVASPTHW/
VASP入门到精通
https://jingyan..com/season/49126
此外,科学网和小木虫上也有很多关于vasp的教程。